W 1525 roku dziedzic Ochli Ernst  von Knobelsdorff,  proboszcz i parafianie przeszli na  protestantyzm, a kościół katolicki przeszedł we  władanie  ewangelików. Odtąd protestantyzm stał  się  dominującym  wyznaniem religijnym w  Ochli, aż do 1945 roku.

W  1544  roku do Ochli przybył pastor Casper  Liegniensis  z Wittenbergii, który otrzymał nominację do  Ochli podpisaną przez samego Marcina Lutra. Losy  tego  dokumentu po II wojnie światowej są  nieznane.

28 listopada  1604 dziedzic Ochli von Rothenburg  zamordował na  kościelnym wzgórzu swego pasterza, który stanął   w obronie  wieśniaczki. W miejscu zbrodni  morderca  wybudował krzyż pokutny, który znajduje  się po lewej stronie  schodów do kościoła. Krzyż  pokutny, inaczej krzyż pojednania to  prosta i  surowa kamienna forma w kształcie krzyża  wznoszona przez zabójcę w miejscu, w którym  dokonał morderstwa.  Obszar występowania krzyży  pokutnych sięga od północy Włoch po  Skandynawię  i występuje od XIII wieku do połowy XIX wieku. W   Europie jest ok. 7 tysięcy krzyży pokutnych, w  tym ok. 4  tysięcy w Niemczech. Oprócz  wzniesienia krzyża morderca był  również  zobowiązany pokryć koszty pogrzebu i przewodu  sądowego oraz łożyć na utrzymanie rodziny  zabitego. Był  zobowiązany także wobec Kościoła,  np. musiał kupić świece.  Powinien odbyć boso  pieszą pielgrzymkę do świętego miejsca.  Wystawienie krzyża stanowiło ostatni punkt  pokuty. Krzyż  był jej wyrazem zadośćuczynienia.  Stawiano go ku przestrodze  potomnych, a  przechodniów miał skłaniać do modlitwy za dusze  zabójcy i ofiary. Przy krzyżu następowało zwykle  pojednanie zabójcy z rodzinę ofiary.

W latach 1618-1648 w czasie wojny trzydziestoletniej Ochla   została  splądrowana i ograbiona przez oddziały armii hr.  Mansfreda zmierzające na Węgry przez Śląsk. W 1631 roku,  kiedy do Zielonej Góry wkroczyły  wojska szwedzkie, w Ochli  zakwaterowała się  dziewiąta kompania wojsk szwedzkich  (Schaffgotschen  Korps). A kiedy w Zielonej Górze wybuchła  zaraza, wojsko szwedzkie przeniosło się do  Ochli. W czasie 4  miesięcznego pobytu Szwedzi  spalili połowę wiejskich  zabudowań, kościół  katolicki i wymordowali połowę mieszkańców   Ochli. Podczas odbudowy kościoła, od strony  południowej  dobudowano kruchtę.